洁净工程与无尘车间在多个方面存在显著的区别。从控制对象上来看，无尘车间主要关注空气中微粒和有害物质的含量，通过高效过滤系统确保空气洁净度，以满足对生产环境有极高要求的行业，如精密电子元件的生产。而洁净工程则在此基础上，进一步控制温度、湿度、气流速度、气流分布和室内压差等环境因素，确保室内环境的稳定性和精确性，广泛应用于需要高度控制环境条件的领域，如医疗手术室、科研实验室等。
在应用领域上，无尘车间多用于工业生产，如电子、医药等行业，其主要功能是确保生产过程中的空气洁净度，防止微粒和有害物质的污染。而洁净工程则更多应用于对洁净环境有更高要求的场合，如医疗、科研等领域，其功能需求更加多元化。此外，在装修设计与材料选择上，两者也有所不同。无尘车间注重空气过滤系统的设计与安装，而洁净工程则更加注重整体环境的密封性和稳定性。综上所述，洁净工程与无尘车间在控制对象、应用领域以及装修设计与材料选择等方面均存在显著差异。